国土地理院では、地図記号「神社」について次のように説明します。
「この記号は、神社の参道入口などに立っている鳥居の形を表しています。大きな神社や有名な神社は、注記しています。
神道教会などに所属している建物には、この記号は使いません。」
https://www.gsi.go.jp/KIDS/map-sign-tizukigou-2022jinjya.htm
その一方で、こちらは桜新町の地図。
真ん中に鳥居は、桜神宮。すなわち神道神習教本祠なんですね。
似たような施設はどうかしら、と思って
出雲大社東京分祠や
神道大教大教院
扶桑教太祠
などをみて見ましたが、いずれも鳥居無しでした。