『宗教年鑑』や宗教法人名簿の公表されていない道府県の宗教法人について、その存在だけでも確かめる方法として国税庁の法人番号公表サイトがあります。
これは、平成25年5月24日に成立(平成25年5月31日公布)の「行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律」)に基づいて法人に指定された「法人番号」を公表しているサイトで、名称から検索することが可能です。
名称と所在地くらいしか掲載されていませんが、番号を指定されたすべての法人が検索対象ですので、例えば教団名で検索するとその本部のほか地域の教会など関連団体の存在がわかる場合があります。教団ごとの神社・教会については『宗教年鑑』や宗教法人名簿で数字だけですが、これならどこにどんな名前の神社・教会があるのかより詳しく把握できることになります。
ここでわかるのはあくまで法人番号を付された法人のみで、法人格を持たない教会・講社などはわかりませので、他の方法が必要になります。